<html><body><div style="color:#000; background-color:#fff; font-family:times new roman, new york, times, serif;font-size:12pt"><div style="font-family: 'times new roman', 'new york', times, serif; font-size: 12pt;"><span>Hi Santi, </span></div><div style="font-family: 'times new roman', 'new york', times, serif; font-size: 16px; color: rgb(0, 0, 0); background-color: transparent; font-style: normal;"><span><br></span></div><div style="font-family: 'times new roman', 'new york', times, serif; font-size: 16px; color: rgb(0, 0, 0); background-color: transparent; font-style: normal;"><span>Try this....</span></div><div style="font-family: 'times new roman', 'new york', times, serif; font-size: 16px; color: rgb(0, 0, 0); background-color: transparent; font-style: normal;"><br></div><div style="font-family: 'times new roman', 'new york', times, serif; font-size: 16px; color: rgb(0, 0, 0); background-color: transparent; font-style:
 normal;">xy=data[,c("X","Y")]<br></div><div><div><span style="font-size: 16px;">id=data[,c("ID")]</span></div><div style="color: rgb(0, 0, 0); font-size: 16px; font-family: 'times new roman', 'new york', times, serif; background-color: transparent; font-style: normal;"><span style="font-size: 16px;"><div style="background-color: transparent;"><span><br></span></div><div style="background-color: transparent; color: rgb(0, 0, 0); font-size: 16px; font-family: 'times new roman', 'new york', times, serif; font-style: normal;"><span>I suppose the documentation does not explain exactly how to import the basic value in R... </span></div><div><span>If you still have problem with decimal, just ask...I have already solved it!</span></div><div><span>Cheers</span></div><div><span>Stef</span></div></span></div></div>  <div style="font-family: 'times new roman', 'new york', times, serif; font-size: 12pt;"> <div style="font-family: 'times new roman', 'new york',
 times, serif; font-size: 12pt;"> <div dir="ltr"> <font size="2" face="Arial"> <hr size="1">  <b><span style="font-weight:bold;">Da:</span></b> "animov-request@faunalia.it" <animov-request@faunalia.it><br> <b><span style="font-weight: bold;">A:</span></b> animov@faunalia.it <br> <b><span style="font-weight: bold;">Inviato:</span></b> Domenica 3 Febbraio 2013 11:00<br> <b><span style="font-weight: bold;">Oggetto:</span></b> AniMov Digest, Vol 84, Issue 3<br> </font> </div> <br>Send AniMov mailing list submissions to<br>    <a ymailto="mailto:animov@faunalia.it" href="mailto:animov@faunalia.it">animov@faunalia.it</a><br><br>To subscribe or unsubscribe via the World Wide Web, visit<br>    <a href="http://lists.faunalia.it/cgi-bin/mailman/listinfo/animov" target="_blank">http://lists.faunalia.it/cgi-bin/mailman/listinfo/animov</a><br>or, via email, send a message with subject or body 'help' to<br>    <a
 ymailto="mailto:animov-request@faunalia.it" href="mailto:animov-request@faunalia.it">animov-request@faunalia.it</a><br><br>You can reach the person managing the list at<br>    <a ymailto="mailto:animov-owner@faunalia.it" href="mailto:animov-owner@faunalia.it">animov-owner@faunalia.it</a><br><br>When replying, please edit your Subject line so it is more specific<br>than "Re: Contents of AniMov digest..."<br><br><br>Today's Topics:<br><br>   1. Re: first passage time: format of coordinates (Sergio Vignali)<br>   2. Re: AniMove plugin for SEXTANTE 1.2.3 (Giovanni Manghi)<br><br><br>----------------------------------------------------------------------<br><br>Message: 1<br>Date: Sat, 2 Feb 2013 17:04:31 +0100<br>From: Sergio Vignali <<a ymailto="mailto:vignalisergio30@gmail.com" href="mailto:vignalisergio30@gmail.com">vignalisergio30@gmail.com</a>><br>To: Santiago Guallar <<a ymailto="mailto:sguallar@yahoo.com"
 href="mailto:sguallar@yahoo.com">sguallar@yahoo.com</a>>, Animal Movement<br>    <<a ymailto="mailto:animov@faunalia.it" href="mailto:animov@faunalia.it">animov@faunalia.it</a>><br>Subject: Re: [AniMov] first passage time: format of coordinates<br>Message-ID:<br>    <CALLUJBYH5YF-g8bRg+zr1Xv0bFYTNNAn9eb+<a ymailto="mailto:9S9VxxSzn7NyPQ@mail.gmail.com" href="mailto:9S9VxxSzn7NyPQ@mail.gmail.com">9S9VxxSzn7NyPQ@mail.gmail.com</a>><br>Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"<br><br>I don't know the fpt function but I think that the problem is the choose of<br>the radius.<br>Look at<br><br><a href="http://lists.faunalia.it/pipermail/animov/2010-August/000646.html" target="_blank">http://lists.faunalia.it/pipermail/animov/2010-August/000646.html</a><br><br>Do you know the reference system of your location? Is WGS84?<br><br>2013/2/2 Santiago Guallar <<a ymailto="mailto:sguallar@yahoo.com"
 href="mailto:sguallar@yahoo.com">sguallar@yahoo.com</a>><br><br>> Thank you very much, Sergio. I'll check the package's documentation.<br>> xy <- Xloc[,c("lat","long")] selects the two columns where the coordinates<br>> are (latitude and longitude), so I don't think there's any problem there.<br>> My coordinates are in the decimal system and I'm checking most of the<br>> Atlantic Ocean. Distance is in Km.<br>><br>> Have a good weekend!<br>><br>> Santi<br>><br>>    *From:* Sergio Vignali <<a ymailto="mailto:vignalisergio30@gmail.com" href="mailto:vignalisergio30@gmail.com">vignalisergio30@gmail.com</a>><br>> *To:* Santiago Guallar <<a ymailto="mailto:sguallar@yahoo.com" href="mailto:sguallar@yahoo.com">sguallar@yahoo.com</a>>; Animal Movement <<br>> <a ymailto="mailto:animov@faunalia.it" href="mailto:animov@faunalia.it">animov@faunalia.it</a>><br>> *Sent:* Friday, February 1,
 2013 7:35 PM<br>><br>> *Subject:* Re: [AniMov] first passage time: format of coordinates<br>><br>> I think the problem is in the line 4 of your code. You wrote:<br>> xy <- Xloc[,c("lat","long")]<br>> but you have to select only the coordinates, not all the object Xloc.<br>><br>> What's the reference system of your coordinates? What's your area of study?<br>> You have to use metric system if you want metric distance in the ltraj<br>> object.<br>> See also AdehabitatLT package and the relative documentation<br>><br>><br>> <a href="https://www.google.it/url?sa=t&rct=j&q=&esrc=s&source=web&cd=2&ved=0CD4QFjAB&url=http%3A%2F%2Fcran.r-project.org%2Fweb%2Fpackages%2FadehabitatLT%2Fvignettes%2FadehabitatLT.pdf&ei=wAgMUcClKKiR4ATDxYCIBg&usg=AFQjCNEQPXZ8fO_qNTPyyR7BDnViFGbmWg&sig2=vv3VeQ-lr4Hhkiavq3Uujw&bvm=bv.41867550,d.bGE"
 target="_blank">https://www.google.it/url?sa=t&rct=j&q=&esrc=s&source=web&cd=2&ved=0CD4QFjAB&url=http%3A%2F%2Fcran.r-project.org%2Fweb%2Fpackages%2FadehabitatLT%2Fvignettes%2FadehabitatLT.pdf&ei=wAgMUcClKKiR4ATDxYCIBg&usg=AFQjCNEQPXZ8fO_qNTPyyR7BDnViFGbmWg&sig2=vv3VeQ-lr4Hhkiavq3Uujw&bvm=bv.41867550,d.bGE</a><br>><br>> When I opened your link I didn't see anything, it's empty, there's not<br>> your tr1.txt file.<br>><br>> 2013/2/1 Santiago Guallar <<a ymailto="mailto:sguallar@yahoo.com" href="mailto:sguallar@yahoo.com">sguallar@yahoo.com</a>><br>><br>> Hi Sergio,<br>><br>> No, I don't use qgis just R.<br>><br>> It's too bad that you can't open the link. Let me show you the head of<br>> object Xloc, see if you can figure out if the the format of the coordinates<br>> xy:<br>><br>>        fix       date    hm 
    secs  trn1  trn2   lat complat  long   dist<br>> 1     noon 07/06/2007 13:15 39240.55 06:18 20:12 20.25   20.25 19.05<br>> 0.00<br>> 2 midnight 08/06/2007 00:59 39241.04 05:46 20:12 27.27   24.31 15.03   0.00<br>> 3     noon 08/06/2007 13:03 39241.54 05:46 20:20 28.81   28.02 16.00 228.65<br>> 4 midnight 09/06/2007 01:03 39242.04 05:46 20:20 28.76   28.76 15.98  44.41<br>> 5     noon 09/06/2007 12:59 39242.54 05:46 20:12 27.12   27.92 14.96  73.77<br>> 6 midnight 10/06/2007 00:59 39243.04 05:46 20:12 27.07   27.07 14.93  51.02<br>>    head veloc conf   jul                Date     ind<br>> 1  0.00  0.00    9 13671 2007-06-07 13:15:00 2298001<br>> 2  0.00  0.00    9 13672 2007-06-08 00:59:00 2298001<br>> 3
 13.21 18.95    9 13672 2007-06-08 13:03:00 2298001<br>> 4 -1.36  3.70    9 13673 2007-06-09 01:03:00 2298001<br>> 5 46.90  6.18    9 13673 2007-06-09 12:59:00 2298001<br>> 6  1.79  4.25    9 13674 2007-06-10 00:59:00 2298001<br>> tr1 seems to be fine:<br>><br>> *********** List of class ltraj ***********<br>> Type of the traject: Type II (time recorded)<br>> Irregular traject. Variable time lag between two locs<br>> Characteristics of the bursts:<br>>        id   burst nb.reloc NAs          date.begin            date.end<br>> 1 2298001 2298001      587   0 2007-06-07 15:15:00 2008-04-30 03:10:00<br>> But object F is full of NAs:<br>> List of 1<br>>  $ :'data.frame':       587 obs. of  30 variables:<br>>   ..$ r1 : num
 [1:587] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...<br>>   ..$ r2 : num [1:587] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...<br>>   ..$ r3 : num [1:587] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...<br>>   ..$ r4 : num [1:587] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...<br>>   ..$ r5 : num [1:587] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...<br>>   ..$ r6 : num [1:587] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...<br>>   ..$ r7 : num [1:587] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...<br>> .<br>> .<br>> .<br>> .<br>> Do you think coordinates format is the problem here?<br>><br>> Thank you,<br>><br>> Santi<br>><br>><br>>    *From:* Sergio Vignali <<a ymailto="mailto:vignalisergio30@gmail.com" href="mailto:vignalisergio30@gmail.com">vignalisergio30@gmail.com</a>><br>> *To:* Santiago Guallar <<a ymailto="mailto:sguallar@yahoo.com" href="mailto:sguallar@yahoo.com">sguallar@yahoo.com</a>>; Animal Movement <<br>> <a
 ymailto="mailto:animov@faunalia.it" href="mailto:animov@faunalia.it">animov@faunalia.it</a>><br>> *Sent:* Thursday, January 31, 2013 7:41 PM<br>> *Subject:* Re: [AniMov] first passage time: format of coordinates<br>><br>> Hi,<br>> do you usually use QGIS?<br>> You can convert your coordinates with qgis of course!<br>> PS I can't open your link.<br>><br>> Regards<br>> 2013/1/31 Santiago Guallar <<a ymailto="mailto:sguallar@yahoo.com" href="mailto:sguallar@yahoo.com">sguallar@yahoo.com</a>><br>><br>><br>>  Hello,<br>><br>>  I am trying to create a ltraj object to obtain first passage times (with<br>> the aim to reveal stopover sites of migratory seabirds) using package<br>> adehabitat, My code is:<br>><br>>  require(adehabitat)<br>> Xloc$Date <- paste( Xloc$date, Xloc$hm)<br>> Xloc$Date <- as.POSIXct( Xloc$Date, format = "%d/%m/%Y %H:%M", tz = "GMT"<br>>
 )<br>> xy <- Xloc[,c("lat","long")]<br>> id= Xloc$ind<br>> tr1 <- as.ltraj( xy, Xloc$Date, id )<br>> F <- fpt(tr1, seq(300,1000, length=30))<br>> plot(F, scale = 500, warn = FALSE)<br>><br>> However, I only obtain NAs. I think the problem lies in the format of the<br>> coordinates. I'm using a decimal format but function fpt() apparently works<br>> with UTM coordinates. How can I convert them into this format?<br>> Here is a link to a dput() to file tr1.txt:<br>>  <a href="http://file-manager.000webhost.com/file-manager/index.php" target="_blank">http://file-manager.000webhost.com/file-manager/index.php</a><br>><br>> Thank you for your help!<br>><br>> Santi<br>><br>><br>><br>><br>> _______________________________________________<br>> AniMov mailing list<br>> <a ymailto="mailto:AniMov@faunalia.it" href="mailto:AniMov@faunalia.it">AniMov@faunalia.it</a><br>> <a
 href="http://lists.faunalia.it/cgi-bin/mailman/listinfo/animov" target="_blank">http://lists.faunalia.it/cgi-bin/mailman/listinfo/animov</a><br>><br>><br>><br>><br>> --<br>> Sergio Vignali<br>> CERM Centro Rapaci Minacciati<br>> (Endangered Raptors Centre)<br>><br>><br>><br>><br>><br>><br>><br>> --<br>> Sergio Vignali<br>> CERM Centro Rapaci Minacciati<br>> (Endangered Raptors Centre)<br>><br>><br>><br><br><br>-- <br>Sergio Vignali<br>CERM Centro Rapaci Minacciati<br>(Endangered Raptors Centre)<br>-------------- next part --------------<br>An HTML attachment was scrubbed...<br>URL: <<a href="http://lists.faunalia.it/pipermail/animov/attachments/20130202/5518e6e6/attachment-0001.html" target="_blank">http://lists.faunalia.it/pipermail/animov/attachments/20130202/5518e6e6/attachment-0001.html</a>><br><br>------------------------------<br><br>Message: 2<br>Date: Sun, 3 Feb 2013
 10:41:40 +0000<br>From: Giovanni Manghi <<a ymailto="mailto:giovanni.manghi@faunalia.pt" href="mailto:giovanni.manghi@faunalia.pt">giovanni.manghi@faunalia.pt</a>><br>To: "<a ymailto="mailto:francescoboccacci@libero.it" href="mailto:francescoboccacci@libero.it">francescoboccacci@libero.it</a>" <<a ymailto="mailto:francescoboccacci@libero.it" href="mailto:francescoboccacci@libero.it">francescoboccacci@libero.it</a>><br>Cc: Animal Movement <<a ymailto="mailto:animov@faunalia.it" href="mailto:animov@faunalia.it">animov@faunalia.it</a>><br>Subject: Re: [AniMov] AniMove plugin for SEXTANTE 1.2.3<br>Message-ID:<br>    <<a ymailto="mailto:CACfnYnSASBeNuQLv-R6h1fD4qW5E4Jaw2g59U_JHtg3YUSF2OA@mail.gmail.com" href="mailto:CACfnYnSASBeNuQLv-R6h1fD4qW5E4Jaw2g59U_JHtg3YUSF2OA@mail.gmail.com">CACfnYnSASBeNuQLv-R6h1fD4qW5E4Jaw2g59U_JHtg3YUSF2OA@mail.gmail.com</a>><br>Content-Type: text/plain; charset=ISO-8859-1<br><br>Hi
 Francesco,<br><br>On Thu, Jan 31, 2013 at 11:37 AM, <a ymailto="mailto:francescoboccacci@libero.it" href="mailto:francescoboccacci@libero.it">francescoboccacci@libero.it</a><br><<a ymailto="mailto:francescoboccacci@libero.it" href="mailto:francescoboccacci@libero.it">francescoboccacci@libero.it</a>> wrote:<br>><br>> Thanks Giovanni for your comments.<br>> I will works on it asap.I'll inform you when i'll upload a new version.<br><br>on Linux I have understand better what are those pop ups when<br>computing Kernels: it is the qgis window that ask for the CRS of a<br>layer. This does not happen when computing MCPs,<br><br>Cheers!<br><br><br>-- Giovanni --<br><br><br>------------------------------<br><br>Subject: Digest Footer<br><br>_______________________________________________<br>AniMov mailing list<br><a ymailto="mailto:AniMov@faunalia.it" href="mailto:AniMov@faunalia.it">AniMov@faunalia.it</a><br><a
 href="http://lists.faunalia.it/cgi-bin/mailman/listinfo/animov" target="_blank">http://lists.faunalia.it/cgi-bin/mailman/listinfo/animov</a><br><br><br>------------------------------<br><br>End of AniMov Digest, Vol 84, Issue 3<br>*************************************<br><br><br> </div> </div>  </div></body></html>