I don't know the fpt function but I think that the problem is the choose of the radius.<div>Look at </div><div><br></div><div><a href="http://lists.faunalia.it/pipermail/animov/2010-August/000646.html" target="_blank">http://lists.faunalia.it/pipermail/animov/2010-August/000646.html</a></div>

<div><br></div><div>Do you know the reference system of your location? Is WGS84?</div><br><div class="gmail_quote">2013/2/2 Santiago Guallar <span dir="ltr"><<a href="mailto:sguallar@yahoo.com" target="_blank">sguallar@yahoo.com</a>></span><br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div><div style="font-size:10pt;font-family:Courier New,courier,monaco,monospace,sans-serif"><div><span>Thank you very much, Sergio. I'll check the package's documentation.</span></div>

<div><span>xy <- Xloc[,c("lat","long")] selects the two columns where the coordinates are (latitude and longitude), so I don't think there's any problem there. My coordinates are in the decimal system and I'm checking most of the Atlantic Ocean. Distance is in Km.</span></div>

<div><span></span> </div><div><span>Have a good weekend!</span></div><div><span></span> </div><div><span>Santi</span></div><div><br><blockquote style="padding-left:5px;margin-top:5px;margin-left:5px;border-left-color:rgb(16,16,255);border-left-width:2px;border-left-style:solid">

  <div style="font-family:Courier New,courier,monaco,monospace,sans-serif;font-size:10pt"> <div style="font-family:times new roman,new york,times,serif;font-size:12pt"> <div dir="ltr"> <font face="Arial"><div> <div style="margin:5px 0px;padding:0px;border:1px solid rgb(204,204,204);min-height:0px;line-height:0;font-size:0px" readonly>

</div>  <b><span style="font-weight:bold">From:</span></b> Sergio Vignali <<a href="mailto:vignalisergio30@gmail.com" target="_blank">vignalisergio30@gmail.com</a>><br> <b><span style="font-weight:bold">To:</span></b> Santiago Guallar <<a href="mailto:sguallar@yahoo.com" target="_blank">sguallar@yahoo.com</a>>; Animal Movement <<a href="mailto:animov@faunalia.it" target="_blank">animov@faunalia.it</a>> <br>

 </div><b><span style="font-weight:bold">Sent:</span></b> Friday, February 1, 2013 7:35 PM<div><div><br> <b><span style="font-weight:bold">Subject:</span></b> Re: [AniMov] first passage time: format of coordinates<br>
 </div></div></font> </div><div><div> <br>
<div><div>I think the problem is in the line 4 of your code. You wrote:</div><div>xy <- Xloc[,c("lat","long")]</div><div>but you have to select only the coordinates, not all the object Xloc.</div><div>

<br>
</div><div>What's the reference system of your coordinates? What's your area of study?</div><div>You have to use metric system if you want metric distance in the ltraj object.</div><div>See also AdehabitatLT package and the relative documentation</div>


<div><br></div><div><a href="https://www.google.it/url?sa=t&rct=j&q=&esrc=s&source=web&cd=2&ved=0CD4QFjAB&url=http%3A%2F%2Fcran.r-project.org%2Fweb%2Fpackages%2FadehabitatLT%2Fvignettes%2FadehabitatLT.pdf&ei=wAgMUcClKKiR4ATDxYCIBg&usg=AFQjCNEQPXZ8fO_qNTPyyR7BDnViFGbmWg&sig2=vv3VeQ-lr4Hhkiavq3Uujw&bvm=bv.41867550,d.bGE" rel="nofollow" target="_blank">https://www.google.it/url?sa=t&rct=j&q=&esrc=s&source=web&cd=2&ved=0CD4QFjAB&url=http%3A%2F%2Fcran.r-project.org%2Fweb%2Fpackages%2FadehabitatLT%2Fvignettes%2FadehabitatLT.pdf&ei=wAgMUcClKKiR4ATDxYCIBg&usg=AFQjCNEQPXZ8fO_qNTPyyR7BDnViFGbmWg&sig2=vv3VeQ-lr4Hhkiavq3Uujw&bvm=bv.41867550,d.bGE</a></div>


<div><br></div><div>When I opened your link I didn't see anything, it's empty, there's not your tr1.txt file.</div><br><div>2013/2/1 Santiago Guallar <span dir="ltr"><<a href="mailto:sguallar@yahoo.com" rel="nofollow" target="_blank">sguallar@yahoo.com</a>></span><br>


<blockquote style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;padding-left:1ex;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-width:1px;border-left-style:solid"><div><div style="font-family:Courier New,courier,monaco,monospace,sans-serif;font-size:10pt">

<div><span>Hi Sergio,</span></div>
<div><span></span> </div><div><span>No, I don't use qgis just R.</span></div><div><span></span> </div><span><div><span>It's too bad that you can't open the link. Let me show you the head of object Xloc, see if you can figure out if the the format of the coordinates xy:</span></div>


<div><span></span> </div><div><span>       fix       date    hm     secs  trn1  trn2   lat complat  long   dist<br>1     noon 07/06/2007 13:<a rel="nofollow">15 39240.55 06</a>:18 20:12 20.25   20.25 19.05   0.00<br>
2 midnight 08/06/2007 00:59 39241.04 05:46 20:12 27.27   24.31 15.03   0.00<br>3     noon
 08/06/2007 13:03 39241.54 05:46 20:20 28.81   28.02 16.00 228.65<br>4 midnight 09/06/2007 01:03 39242.04 05:46 20:20 28.76   28.76 15.98  44.41<br>5     noon 09/06/2007 12:59 39242.54 05:46 20:12 27.12   27.92 14.96  73.77<br>


6 midnight 10/06/2007 00:59 39243.04 05:46 20:12 27.07   27.07 14.93  51.02<br>   head veloc conf   jul                Date     ind<br>1  0.00  0.00    9 13671 2007-06-07 13:15:00 2298001<br>2  0.00  0.00    9 13672 2007-06-08 00:59:00 2298001<br>


3 13.21 18.95    9 13672 2007-06-08 13:03:00 2298001<br>4 -1.36  3.70    9 13673 2007-06-09 01:03:00 2298001<br>5 46.90  6.18    9 13673 2007-06-09 12:59:00 2298001<br>6  1.79 
 4.25    9 13674 2007-06-10 00:59:00 2298001<br></span></div><div><span>tr1 seems to be fine:</span></div><div><span></span> </div><div><span>*********** List of class ltraj ***********</span></div><div><span>Type of the traject: Type II (time recorded)<br>


Irregular traject. Variable time lag between two locs</span></div><div><span>Characteristics of the bursts:<br>       id   burst nb.reloc NAs          date.begin            date.end<br>1 2298001 2298001      587   0 2007-06-07 15:15:00 2008-04-30 03:10:00<br>


</span></div></span><div>But object F is full of NAs:</div><div>List of 1<br> $ :'data.frame':       587 obs. of  30 variables:<br>  ..$ r1 : num [1:587] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...<br>  ..$ r2 : num
 [1:587] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...<br>  ..$ r3 : num [1:587] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...<br>  ..$ r4 : num [1:587] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...<br>  ..$ r5 : num [1:587] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...<br>


  ..$ r6 : num [1:587] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...<br>  ..$ r7 : num [1:587] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...<br>.</div><div>.</div><div>.</div><div>.<br></div><div><span>Do you think coordinates format is the problem here?</span></div>


<div><span></span> </div><div><span>Thank you,</span></div><div><span><var></var></span> </div><div><span>Santi</span></div><div> </div><blockquote style="padding-left:5px;margin-top:5px;margin-left:5px;border-left-color:rgb(16,16,255);border-left-width:2px;border-left-style:solid">


  <div style="font-family:Courier New,courier,monaco,monospace,sans-serif;font-size:10pt"> <div style="font-family:times new roman,new york,times,serif;font-size:12pt"> <div dir="ltr"> <font face="Arial"> <div style="margin:5px 0px;padding:0px;border:1px solid rgb(204,204,204);line-height:0;font-size:0px;min-height:0px">


</div>  <b><span style="font-weight:bold">From:</span></b> Sergio Vignali <<a href="mailto:vignalisergio30@gmail.com" rel="nofollow" target="_blank">vignalisergio30@gmail.com</a>><br> <b><span style="font-weight:bold">To:</span></b> Santiago Guallar <<a href="mailto:sguallar@yahoo.com" rel="nofollow" target="_blank">sguallar@yahoo.com</a>>; Animal Movement <<a href="mailto:animov@faunalia.it" rel="nofollow" target="_blank">animov@faunalia.it</a>> <br>


 <b><span style="font-weight:bold">Sent:</span></b> Thursday, January 31, 2013 7:41 PM<br> <b><span style="font-weight:bold">Subject:</span></b> Re: [AniMov] first passage time: format of coordinates<br> </font> </div><div>


<div> <br>
<div>Hi, <div>do you usually use QGIS?</div><div>You can convert your coordinates with qgis of course!<br>PS I can't open your link.</div><div><br></div><div>Regards<br><div>2013/1/31 Santiago Guallar <span dir="ltr"><<a href="mailto:sguallar@yahoo.com" rel="nofollow" target="_blank">sguallar@yahoo.com</a>></span><br>



<blockquote style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;padding-left:1ex;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-width:1px;border-left-style:solid"><div><div style="font-family:Courier New,courier,monaco,monospace,sans-serif;font-size:10pt">


<div><span><br></span></div>

<div style="font-family:Courier New,courier,monaco,monospace,sans-serif;font-size:10pt">
<div><var>Hello,</var></div>
<div><var></var> </div>
<div><var></var></div>
<div><var>I am trying to create a ltraj object to obtain first passage times (with the aim to reveal stopover sites of migratory seabirds) using package adehabitat, My code is:</var></div>
<div><var></var> </div>
<div><var></var></div>
<div><var>require(adehabitat)<br>Xloc$Date <- paste( Xloc$date, Xloc$hm)<br>Xloc$Date <- as.POSIXct( Xloc$Date, format = "%d/%m/%Y </var><var>%H:%M", tz = "GMT" )<br>xy <- Xloc[,c("lat","long")]<br>



id= Xloc$ind<br>tr1 <- as.ltraj( xy, Xloc$Date, id )<br>F <- fpt(tr1, seq(300,1000, length=30))<br>plot(F, scale = 500, warn = FALSE)</var></div>
<div><var></var></div>
<div><var></var> </div>
<div><var>However, I only obtain NAs. I think the problem lies in the format of the coordinates. I'm using a decimal format but function fpt() apparently works with UTM coordinates. How can I convert them into this format?</var></div>




<div><var>Here is a link to a dput() to file tr1.txt:</var></div>
<div><var>
<div></div>
<div><a href="http://file-manager.000webhost.com/file-manager/index.php" rel="nofollow" target="_blank">http://file-manager.000webhost.com/file-manager/index.php</a></div><var></var></var></div>
<div><var></var></div>
<div><var></var> </div>
<div><var>Thank you for your help!</var></div>
<div><var></var></div>
<div><var></var> </div>
<div><var>Santi</var></div></div>
<div><br><br> </div></div></div><br>_______________________________________________<br>
AniMov mailing list<br>
<a href="mailto:AniMov@faunalia.it" rel="nofollow" target="_blank">AniMov@faunalia.it</a><br>
<a href="http://lists.faunalia.it/cgi-bin/mailman/listinfo/animov" rel="nofollow" target="_blank">http://lists.faunalia.it/cgi-bin/mailman/listinfo/animov</a><br>
<br></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br>Sergio Vignali<div>CERM Centro Rapaci Minacciati</div><div>(Endangered Raptors Centre)</div>
</div>
</div><br><br> </div></div></div> </div> </blockquote>   </div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br>Sergio Vignali<div>CERM Centro Rapaci Minacciati</div><div>(Endangered Raptors Centre)</div>



</div><br><br> </div></div></div> </div> </blockquote></div>   </div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br>Sergio Vignali<div>CERM Centro Rapaci Minacciati</div><div>(Endangered Raptors Centre)</div>