Hello Mathieu,<br><br>Following up from our previous postings, and with the new LT package available, I am trying to add the 'infolocs' into the FPT output.<br>I maxed out the memory, so Im sure I did this wrong. All I was trying to do is have a casewise listing of the infolocs metadata attached to each row of the FPT output.<br>

This is what I tried, using infolocs() in the way you used used burst().<br><br>i.10m <- fpt(na.10m, seq(5, 50, 5), units = "hours")<br>exp.10mFPT <- do.call (rbind, i.10m)<br>na <- unlist(lapply(na.10m, function(i) sum(!<a href="http://is.na" target="_blank">is.na</a>(i[, 1]))))<br>

exp.10mFPT$burst <- rep(burst(na.10m), times = na)<br>exp.10mFPT$info <- rep(infolocs(na.10m), times = na)<br><br>Any help is appreciated!<br><br>Thanks,<br><br>Adam<br><br><br><br><br><br><br><br><br><br><div class="gmail_quote">
On Mon, Jan 31, 2011 at 5:12 PM, Mathieu Basille <span dir="ltr"><<a href="mailto:basille@ase-research.org" target="_blank">basille@ase-research.org</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">Sorry, there is a mistake in the code: should be 'times' instead of<br>
'each' in the rep line:<br>
<br>
bla$burst <- rep(burst(puechcirc), times = na)<br>
<br>
Mathieu.<br>
<br>
<br>
<br>
Le 2011-01-31 19:04, Adam T. Ford a écrit :<br>
<div>> gorgeous code Mathieu, thanks much!<br>
><br>
> On Mon, Jan 31, 2011 at 4:13 PM, Mathieu Basille<br>
</div><div>> <<a href="mailto:basille@ase-research.org" target="_blank">basille@ase-research.org</a> <mailto:<a href="mailto:basille@ase-research.org" target="_blank">basille@ase-research.org</a>>> wrote:<br>

><br>
</div><div>>     The difference comes from the NA (fpt first removes any NAs in the<br>
>     coordinates).<br>
><br>
>     Something along that line should work:<br>
><br>
>     data(puechcirc)<br>
>     i <- fpt(puechcirc, seq(300,1000, length=30))<br>
>     bla <- do.call(rbind, i)<br>
><br>
>     na <- unlist(lapply(puechcirc, function(i) sum(!<a href="http://is.na" target="_blank">is.na</a><br>
</div>>     <<a href="http://is.na" target="_blank">http://is.na</a>>(i[, 1]))))<br>
<div><div></div><div>>     bla$burst <- rep(burst(puechcirc), each = na)<br>
><br>
><br>
>     Hope this helps,<br>
>     Mathieu.<br>
><br>
><br>
>     Le 2011-01-31 18:04, Adam T. Ford a écrit :<br>
>     > Hello Mathieu and Animovers,<br>
>     ><br>
>     > Thank you for that reply and your interest.<br>
>     > You are quite correct, there is a text file produced!<br>
>     > Still,  I am not sure which rows belong to which animals/bursts.<br>
>     Do you<br>
>     > know of a way to carry this information from the ltraj object into the<br>
>     > output of a fipati object?<br>
>     > Since I coerced my original dataframe into a regular timeseries there<br>
>     > will be several observations that the function  sett0 ()  filled in,<br>
>     > correct? This is why I have more rows in the fpt () output then in my<br>
>     > raw data.<br>
>     > But Im not sure how to match the rows of the ltraj object with the<br>
>     > output of fpt().<br>
>     > In my mind, it would make sense to write.table () the ltraj<br>
>     object, and<br>
>     > match rows with the fpt() output.<br>
>     > But when I tried I get:<br>
>     >         ERROR:  arguments imply differing number of rows<br>
>     ><br>
>     ><br>
>     > Thanks again,<br>
>     ><br>
>     ><br>
>     > Adam<br>
>     ><br>
>     > On Mon, Jan 31, 2011 at 3:45 PM, Mathieu Basille<br>
>     > <<a href="mailto:basille@ase-research.org" target="_blank">basille@ase-research.org</a> <mailto:<a href="mailto:basille@ase-research.org" target="_blank">basille@ase-research.org</a>><br>
</div></div>>     <mailto:<a href="mailto:basille@ase-research.org" target="_blank">basille@ase-research.org</a> <mailto:<a href="mailto:basille@ase-research.org" target="_blank">basille@ase-research.org</a>>>><br>

<div><div></div><div>>     wrote:<br>
>     ><br>
>     >     Dear Adam,<br>
>     ><br>
>     >     What's wrong with the output of write.table? I can do the<br>
>     following<br>
>     >     without any error (building upon the example of fpt):<br>
>     ><br>
>     >     data(puechcirc)<br>
>     >     i <- fpt(puechcirc, seq(300,1000, length=30))<br>
>     >     bla <- do.call(rbind, i)<br>
>     >     write.table(bla, file = "bla.txt")<br>
>     ><br>
>     >     And the resulting text file is fine.<br>
>     ><br>
>     >     Mathieu.<br>
>     ><br>
>     ><br>
>     >     Le 2011-01-31 17:37, Adam T. Ford a écrit :<br>
>     >     > Hello Animovers,<br>
>     >     ><br>
>     >     > I am having trouble extracting the results of the fpt ()<br>
>     function.<br>
>     >     > As far as I can tell, this function is working correctly,<br>
>     all the<br>
>     >     plots<br>
>     >     > appear in order etc.<br>
>     >     ><br>
>     >     > I have 7 animals with different sampling periods representing a<br>
>     >     total of<br>
>     >     > 48 'bursts'. So I have 48 dataframes assembled as a "fipati"<br>
>     object.<br>
>     >     > My problem is that I  am not sure how to compile a list of<br>
>     multiple<br>
>     >     > dataframes in way that I can analyze it statistically, or<br>
>     look at it<br>
>     >     > completely.<br>
>     >     ><br>
>     >     > I have tried (for example):<br>
>     >     ><br>
>     >     >    i <- fpt(puechcirc, seq(5, 100, 5), units = "hours")<br>
>     >     >    do.call(rbind, i)<br>
>     >     ><br>
>     >     > and then I tried write.table() to export to a text file but<br>
>     got a<br>
>     >     series<br>
>     >     > of errors, for example:<br>
>     >     ><br>
>     >     >     23] WARNING: Warning: \U used without hex digits<br>
>     >     >     Warning: '\A' is an unrecognized escape in a character<br>
>     string<br>
>     >     >     Warning: '\D' is an unrecognized escape in a character<br>
>     string<br>
>     >     >     Warning: '\D' is an unrecognized escape in a character<br>
>     string<br>
>     >     >     Warning: '\S' is an unrecognized escape in a character<br>
>     string<br>
>     >     >    Warning: '\J' is an unrecognized escape in a character string<br>
>     >     ><br>
>     >     > Has anyone else worked had success extracting information from a<br>
>     >     fipati<br>
>     >     > class object?<br>
>     >     ><br>
>     >     > I realize this is porbably a simple "r-rookie" question, but<br>
>     i cannot<br>
>     >     > find what I am looking for in other forums, my r book etc<br>
>     >     ><br>
>     >     > Great work on this package by the way, very helpful and much<br>
>     needed in<br>
>     >     > the ecological community.<br>
>     >     ><br>
>     >     > Adam T. Ford<br>
>     >     > Ph.D. Candidate<br>
>     >     > Department of Zoology<br>
>     >     > University of British Columbia<br>
>     >     > Vancouver, B.C<br>
>     >     ><br>
>     >     > Canada<br>
>     >     ><br>
>     >     ><br>
>     >     ><br>
>     >     ><br>
>     >     > _______________________________________________<br>
>     >     > AniMov mailing list<br>
>     >     > <a href="mailto:AniMov@faunalia.it" target="_blank">AniMov@faunalia.it</a> <mailto:<a href="mailto:AniMov@faunalia.it" target="_blank">AniMov@faunalia.it</a>><br>
</div></div>>     <mailto:<a href="mailto:AniMov@faunalia.it" target="_blank">AniMov@faunalia.it</a> <mailto:<a href="mailto:AniMov@faunalia.it" target="_blank">AniMov@faunalia.it</a>>><br>
<div><div></div><div>>     >     > <a href="http://lists.faunalia.it/cgi-bin/mailman/listinfo/animov" target="_blank">http://lists.faunalia.it/cgi-bin/mailman/listinfo/animov</a><br>
>     ><br>
>     >     --<br>
>     ><br>
>     >     ~$ whoami<br>
>     >     Mathieu Basille, Post-Doc<br>
>     ><br>
>     >     ~$ locate<br>
>     >     Laboratoire d'Écologie Comportementale et de Conservation de<br>
>     la Faune<br>
>     >     + Centre d'Étude de la Forêt<br>
>     >     Département de Biologie<br>
>     >     Université Laval, Québec<br>
>     ><br>
>     >     ~$ info<br>
>     >     <a href="http://ase-research.org/basille" target="_blank">http://ase-research.org/basille</a><br>
>     ><br>
>     >     ~$ fortune<br>
>     >     ``If you can't win by reason, go for volume.''<br>
>     >     Calvin, by Bill Watterson.<br>
>     ><br>
>     ><br>
><br>
>     --<br>
><br>
>     ~$ whoami<br>
>     Mathieu Basille, Post-Doc<br>
><br>
>     ~$ locate<br>
>     Laboratoire d'Écologie Comportementale et de Conservation de la Faune<br>
>     + Centre d'Étude de la Forêt<br>
>     Département de Biologie<br>
>     Université Laval, Québec<br>
><br>
>     ~$ info<br>
>     <a href="http://ase-research.org/basille" target="_blank">http://ase-research.org/basille</a><br>
><br>
>     ~$ fortune<br>
>     ``If you can't win by reason, go for volume.''<br>
>     Calvin, by Bill Watterson.<br>
><br>
><br>
<br>
</div></div>--<br>
<div><div></div><div><br>
~$ whoami<br>
Mathieu Basille, Post-Doc<br>
<br>
~$ locate<br>
Laboratoire d'Écologie Comportementale et de Conservation de la Faune<br>
+ Centre d'Étude de la Forêt<br>
Département de Biologie<br>
Université Laval, Québec<br>
<br>
~$ info<br>
<a href="http://ase-research.org/basille" target="_blank">http://ase-research.org/basille</a><br>
<br>
~$ fortune<br>
``If you can't win by reason, go for volume.''<br>
Calvin, by Bill Watterson.<br>
</div></div></blockquote></div><br>